Салықтық тексеру - бұл салық органы жүзеге асыратын, Қазақстан Республикасының салық заңнамасы, сондай-ақ орындалуын бақылау салық органдарына жүктелген Қазақстан Республикасының өзге де заңнамасы нормаларының орындалуын тексеру. (ҚР Салық кодексінің 138-бабы).

Салықтық тексерулерді тек қана салық органдары жүзеге асырады.

ҚР СК 140-бабы негізінде салықтық тексерулер:

• кешенді,
• тақырыптық,
• қарсы тексеру,
• хронометраждық зерттеу нысанында жүзеге асырылады.

ҚР СК 142-бабына сәйкес тақырыптық тексеру салық органы салық төлеушіге (салық агентіне) қатысты мынадай мәселелер:
1) салықтардың және (немесе) бюджетке төленетiн төлемдердiң жекелеген түрлерi бойынша салықтық мiндеттеменi орындау;
2) ЕАЭО-ға мүше мемлекеттердiң аумағынан ҚР аумағына импортталған тауарлар бойынша қосылған құн салығы және (немесе) акциз бойынша салықтық мiндеттемені орындау;
3) сот жасалуын іс жүзінде жұмыстарды орындамай, қызметтерді көрсетпей, тауарларды тиеп-жөнелтпей жүзеге асырылды деп таныған шот-фактура жазып беру жөніндегі әрекет (әрекеттер) бойынша салықтық міндеттемені айқындау;
3-1) іс жүзінде жұмыстарды орындамай, қызметтерді көрсетпей, тауарларды тиеп-жөнелтпей шот-фактураларды жазып беру жөніндегі әрекеттерді жасау фактісі бойынша өзіне (өздеріне) қатысты сотқа дейінгі тергеп-тексеру жүргізіліп жатқан салық төлеушімен (салық төлеушілермен) өзара есеп айырысу бойынша салықтық міндеттемені айқындау;
4) салық төлеушi мен оның дебиторлары арасындағы өзара есеп айырысуларды айқындау;
5) халықаралық шарттардың (келiсiмдердiң) ережелерiн қолданудың құқыққа сыйымдылығы;
6) қосылған құн салығының асып кету сомаларының, оның ішінде қайтару ұсынылған соманың анықтығын растау;
7) бейрезидент қосарланған салық салуды болғызбау және салықтарды төлеуден жалтаруға жол бермеу мәселелерін реттейтін халықаралық шарттың ережелерін қолдануға байланысты бюджеттен қайтаруды ұсынған табыс салығын растау;
8) бейрезиденттiң қосарланған салық салуды болғызбау және салықтарды төлеуден жалтаруға жол бермеу мәселелерін реттейтін халықаралық шарт ережелерін қолдануға байланысты бюджеттен табыс салығын қайтаруға арналған салықтық өтiнiшiн қайтадан қарау туралы өтінішінде жазылған;
9) осы Кодекстiң 96-бабында айқындалған тәртiппен камералдық бақылау нәтижелерi бойынша анықталған бұзушылықтарды жою туралы салық органдарының хабарламасында көрсетілген бұзушылықтардың бар-жоғын растауы;
10) осы Кодекстiң 29-бабында көзделген талаптардың орындалуы;
11) салық төлеушiнiң (салық агентінің) тексеру нәтижелерi туралы хабарламаға шағымында жазылған;
12) салық органдарында тiркеу есебiне қою;
13) БКМ немесе үш құрамдасты интеграцияланған жүйенің болуы;
14) төлем карточкаларын пайдалана отырып, төлемдерді жүзеге асыруға арналған жабдықтың (құрылғының) болуы;
15) мыналар:
тауарларды Қазақстан Республикасының аумағы арқылы, оның ішінде ЕАЭО-ға мүше мемлекеттер арасында халықаралық автомобиль тасымалдарымен жүзеге асырылатын алып өту, өткізу және (немесе) тиеп-жөнелту кезінде;
тауарларды ЕАЭО-ға мүше болып табылмайтын мемлекеттердiң және ЕАЭО-ға мүше мемлекеттердiң аумағынан Қазақстан Республикасының аумағына әкелген кезде;
тауарларды Қазақстан Республикасының аумағынан ЕАЭО-ға мүше болып табылмайтын мемлекеттердiң және Еуразиялық экономикалық одаққа мүше мемлекеттердiң аумағына әкеткен кезде тауарларға ілеспе жүкқұжаттардың болуы және тауарлар атауының, санының (көлемінің) ТІЖ-де көрсетілген мәліметтерге сәйкес келуі;
16) тауарларды Қазақстан Республикасының аумағынан ЕАЭО-ға мүше мемлекеттердiң аумағына әкету кезінде Қазақстан Республикасы ратификациялаған халықаралық шарттарды іске асыру үшін қабылданған Қазақстан Республикасының нормативтік құқықтық актілерінде көзделген құжаттардың болуы және тауарлардың құжаттарда көрсетілген мәліметтерге сәйкес келуі;
17) сәйкестендіру құралдарының және есепке алу-бақылау маркаларының болуы және төлнұсқалығы, лицензияның болуы;
18) автокөлік құралдарын көліктік бақылау немесе жол полициясы бекеттерінде тексеру кезінде импортталатын тауарларға тауар-көлік жүкқұжаттарының болуы және тауар атауларының тауар-көлік жүкқұжаттарда көрсетілген мәліметтерге сәйкес келуі;
19) бақылау-касса машиналарын қолдану тәртiбiн сақтау;
20) ҚР рұқсаттар және хабарламалар туралы заңнамасын және акцизделетiн тауарлардың жекелеген түрлерiн өндiру, сақтау және өткiзу шарттарын сақтау;
21) касса бойынша шығыс операцияларын тоқтата тұру туралы салық органы шығарған өкiмді орындау;
22) электрондық нысанда шот-фактураларды жазып беру тәртібін сақтау;
23) Қазақстан Республикасының Дүниежүзілік сауда ұйымына қосылуына байланысты кедендік баждардың төмендетілген мөлшерлемелері қолданылатын тауарлар тізбесіне енгізілген тауарлар қалдықтарының болуын растау;
24) ірі салық төлеушілер мониторингі шеңберінде шешімді орындамау;
25) ҚР халықаралық шарттарына және (немесе) заңнамасына сәйкес міндетті таңбалауға жататын тауарлар бойынша тауарда сәйкестендіру құралының болуы және оның төлнұсқалылығы мәселелерi бойынша жүргiзетiн тексеру болып табылады.

Тақырыптық тексеру мынадай:

1) әлеуметтік төлемдерді есептеудің, ұстап қалу мен аударудың толықтығы және уақтылы болуы;
2) банктер және банк операцияларының жекелеген түрлерін жүзеге асыратын ұйымдар осы Кодексте, сондай-ақ «Міндетті әлеуметтік сақтандыру туралы» және «Қазақстан Республикасында зейнетақымен қамсыздандыру туралы», «Міндетті әлеуметтік медициналық сақтандыру туралы» Қазақстан Республикасының заңдарында белгiленген мiндеттердi орындауы;
3) трансферттік баға белгілеу;
4) акцизделетін тауарлардың жекелеген түрлерінің өндірісі мен айналымын, сондай-ақ авиациялық отынның, биоотынның, мазуттың айналымын мемлекеттік реттеу мәселелері бойынша да жүргізілуі мүмкін.
3. Тақырыптық тексеру осы баптың 1 және 2-тармақтарында көрсетілген бірнеше мәселе бойынша бір мезгілде жүргізілуі мүмкін. Тақырыптық тексеру салықтардың және бюджетке төленетін төлемдердің барлық түрі бойынша міндеттемелердің орындалуына тексеру жүргізуді көздей алмайды.

Салықтық тексеру жүргізу мерзімі нұсқама тапсырылған күннен бастап 30 жұмыс күнінен аспауға тиіс.

Салықтық тексеру жүргізу мерзімін:

- құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғалар, дара кәсіпкерлер және Қазақстан Республикасында біреуден аспайтын тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер үшін

• салықтық тексеруді тағайындаған салық органы - 45 жұмыс күніне дейін;
• жоғары тұрған салық органы - 60 жұмыс күніне дейін;

- құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғалар және ҚР-да біреуден астам тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер, сондай-ақ салықтық мониторингке жататын салық төлеушілер үшін:

• салықтық тексеруді тағайындаған салық органы - 75 жұмыс күніне дейін;
• жоғары тұрған салық органы - 180 жұмыс күніне дейін ұзартуы мүмкін.

Тақырыптық және қарсы тексерулерді тағайындау және хронометраждық зерттеу жүргізу туралы шешім шығару қағидалары. Қазақстан Республикасы Қаржы министрінің 2018 жылғы 15 ақпандағы № 197 бұйрығы.