Кешенді тексеру - бұл салық органы салықтардың, бюджетке төленетiн төлемдердің және әлеуметтік төлемдердің барлық түрі бойынша салықтық міндеттеменің орындалу мәселелері бойынша салық төлеушіге (салық агентіне) қатысты жүргізетін тексеруі. (ҚР Салық кодексінің 141-бабы)

ҚР Салық кодексінің 138-бабына сәйкес - Салық органы жүзеге асыратын, Қазақстан Республикасының салық заңнамасы, сондай-ақ орындалуын бақылау салық органдарына жүктелген Қазақстан Республикасының өзге де заңнамасы нормаларының орындалуын тексеру салықтық тексеру болып табылады.

Салықтық тексерулерді тек қана салық органдары жүзеге асырады.

Салықтық тексерулер кешенді, тақырыптық, қарсы тексеру, хронометраждық зерттеп-қарау нысанында жүзеге асырылады.

ҚР Салық кодексінің 141-бабына сәйкес- кешенді тексеруге тақырыптық тексеру мәселелері, оның ішінде мынадай мәселелер:

• банктердiң және банк операцияларының жекелеген түрлерiн жүзеге асыратын ұйымдардың осы Кодексте, сондай-ақ Қазақстан Республикасының Әлеуметтік кодексінде және "Міндетті әлеуметтік медициналық сақтандыру туралы" Қазақстан Республикасының Заңында белгiленген мiндеттердi орындауы;
• халықаралық шарттардың (келiсiмдердiң) ережелерiн қолданудың құқыққа сыйымдылығы;
• трансферттік баға белгілеу;
• акцизделетін тауарлардың жекелеген түрлерінің өндірісін және айналымын, сондай-ақ авиациялық отынның, биоотынның, мазуттың айналымын мемлекеттік реттеу;
• орындалуын бақылау салық органдарына жүктелген Қазақстан Республикасы заңнамасының сақталуы бойынша өзге де мәселелер енгізілуі мүмкін."

Салық төлеуші (заңды тұлғаның құрылымдық бөлімшесі) таратылған (қызметін тоқтатқан) кезде салықтық тексерулер тек қана кешенді тексеру (бұдан әрі – таратудың салықтық тексеруі) нысанында жүргізіледі.

Салық төлеушінің осындай тексеруді жүргізуге арналған салықтық өтінішті ұсыну жағдайларын қоспағанда, резидент-заңды тұлғаның құрылымдық бөлімшесі тіркеу есебінен шығарылған кезде кешенді тексеру жүргізілмейді.

Салықтық тексерулер жүргізу мерзімі

Нұсқамада көрсетілетін салықтық тексерулерді жүргізу мерзімі, егер ҚР СК 146-бабында өзгеше белгіленбесе, Салық кодексінің 146-бабына сәйкес нұсқама табыс етілген күннен бастап отыз жұмыс күнінен аспауға тиіс.

Салықтық тексеру жүргізу мерзімін:

1) осы тармақтың 2) тармақшасында көрсетілген жағдайларды қоспағанда, құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғалар, дара кәсіпкерлер және Қазақстан Республикасында біреуден аспайтын тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер үшін:

• салықтық тексеруді тағайындаған салық органы - қырық бес жұмыс күніне дейін;
• жоғары тұрған салық органы - алпыс жұмыс күніне дейін;

2) құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғалар және Қазақстан Республикасында біреуден астам тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер, сондай-ақ салықтық мониторингке жататын салық төлеушілер үшін:

• салықтық тексеруді тағайындаған салық органы - жетпіс бес жұмыс күніне дейін;
• жоғары тұрған салық органы - жүз сексен жұмыс күніне дейін ұзартуы мүмкін.

Салық кодексінің 146-бабында көрсетілгендей, егер осы баптың 5 және 7-тармағында өзгеше белгіленбесе, ұзарту немесе тоқтата тұру мерзімдерін ескере отырып, кешенді немесе тақырыптық тексеруді жүргізу мерзімі:

1) осы тармақтың 2) тармақшасында көрсетілген жағдайларды қоспағанда, құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғалар, дара кәсіпкерлер және Қазақстан Республикасында біреуден аспайтын тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер үшін – алпыс жұмыс күнінен;

2) құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғалар және Қазақстан Республикасында біреуден астам тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер, сондай-ақ салықтық мониторингке жататын салық төлеушілер үшін – бір жүз сексен жұмыс күнінен аспауға тиіс.