Кешенді салықтық тексеру – салықтардың, бюджетке төленетін төлемдердің және әлеуметтік міндеттемелердің барлық түрлері бойынша салық міндеттемесін орындау мәселелері бойынша салықтық тексеру.

Салықтық тексеру – бұл салық органы жүзеге асыратын, сондай-ақ орындалуына бақылау жасау салық органдарына жүктелген Қазақстан Республикасының өзге де заңнамасы нормаларының орындалуын тексеру.

2026 жылғы 1 қаңтардан бастап кешенді тексеру

2026 жылғы 1 қаңтарға дейінгі кешенді тексеру

2026 жылғы 1 қаңтардан бастап кешенді тексеру

Жаңа Салық кодексі (2025 жылғы 18 шілдедегі № 214-VIII ҚР Кодексі) 2026 жылғы 1 қаңтардан бастап күшіне енді.

Салық реформасы шеңберінде 2026 жылғы 1 қаңтардан бастап күшіне енетін өзгерістер салықтық тексерулерге қатысты болды.

2026 жылдан бастап, егер компанияның салықтық жүктемесі (СЖК) аймақ бойынша салалық максимумның 90%-ын немесе одан көбін құраса, кешенді салықтық тексерулер жүргізілмейді.

Тексеру тек үш жағдайда ғана мүмкін болады:

• салық төлеушінің өзінің өтініші бойынша;
• Қазақстан Республикасының Қылмыстық іс жүргізу заңнамасында көзделген негіздер бойынша;
• прокуратура органдарының талап етуі бойынша.

Салықтық тексерулердің нысандары мен түрлері

Салықтық тексеруге қатысушылар

Кешенді салықтық тексеру

Салықтық тексеру жүргізу мерзімдері

Қандай жағдайларда салықтық тексеру тағайындалады

Салықтық тексеруді аяқтау

Салықтық тексерулердің нысандары мен түрлері

Салықтық бақылау тек салық органдарының салықтық тексеру жүргізуі арқылы жүзеге асырылады.

Салықтық тексеруді жүргізудің жалпы тәртібі Салық кодексімен, сондай-ақ Қазақстан Республикасының Кәсіпкерлік кодексімен айқындалады.

Салықтық тексеру:

• кешенді,
• тақырыптық,
• қарсы салықтық тексеру,
• хронометраждық зерттеу нысанында жүзеге асырылады.

Салықтық тексеруге жататын кезең талап қоюдың ескіру мерзімінен аспауға тиіс.

Салық органдары заңды тұлғаның өзіне салықтық тексеру жүргізілуіне қарамастан, заңды тұлғаның құрылымдық бөлімшелеріне салықтық тексерулерді жүзеге асыруға құқылы.

"Жедел-іздестіру қызметі туралы" Қазақстан Республикасының Заңына сәйкес жедел-іздестіру қызметін жүзеге асыратын органдардың қызметкерлеріне қатысты салықтық тексеру ерекше тәртіппен жүргізіледі.

Салықтық тексеруді жүргізудің ерекше тәртібін арнаулы мемлекеттік органдармен, Қазақстан Республикасы Қорғаныс министрлігінің әскери барлау органдарымен, құқық қорғау органдарымен бірлесіп, уәкілетті орган айқындайды.

Тексерілетін кезеңді айқындау кезінде:

1) резидент-заңды тұлғаны, бейрезидент-заңды тұлғаның құрылымдық бөлімшесін қайта ұйымдастыру немесе тарату кезінде тағайындалатындарды қоспағанда, кешенді салықтық тексеру;

2) салық төлеушінің (салық агентінің) өзінің салықтық өтініші немесе шағымы бойынша, оның ішінде:

• қосылған құн салығы бойынша төлеушіні тіркеу есебінен шығаруға байланысты салықтық өтініші бойынша;
• салықтық тексеру нәтижелері туралы хабарламаға салық төлеушінің (салық агентінің) шағымына байланысты тақырыптық салықтық тексеру тағайындалған кезде салықтар бойынша аудитпен қамтылған салықтық кезең енгізілмейді.

Осы тармақтың бірінші бөлігінің ережесі:

      1) салықтық мониторингке жататын салық төлеушілерге;

      2) жер қойнауын пайдаланушыларға;

      3) акцизделетін өнімнің, биоотынның жекелеген түрлерін өндіру және олардың айналымы жөніндегі қызмет түрлерін жүзеге асыратын салық төлеушілерге қатысты салықтық тексерулерге қолданылмайды.

Салықтық тексеру салықтық жүктеме коэффициентінің (СЖК) көрсеткішін ескере отырып, осы Кодекске сәйкес тағайындалады.

Бұл ретте салық төлеушінің СЖК тиісті қызмет түрі бойынша және қызмет жүзеге асырылатын өңірді ескере отырып, СЖК жоғарғы көрсеткішінің кемінде 90 пайызын құрайтын салықтық кезеңге кешенді салықтық тексеру тағайындалмайды.

Осы тармақтың екінші бөлігінің ережелері прокуратура органдарының талабы бойынша Қазақстан Республикасының Қылмыстық-процестік заңнамасында көзделген негіздерде салық төлеушінің өз өтініші бойынша кешенді салықтық тексеру тағайындалған жағдайларға қолданылмайды.

Салықтық тексеруге қатысушылар

Мыналар салықтық тексеруге қатысушылар болып табылады:

1) салық органының салықтық тексеруді жүргізетін лауазымды адамдары;

2) осы Кодекске сәйкес салық органы салықтық тексеруді жүргізуге тартатын, нұсқамада көрсетілген мамандар (бұдан әрі – маман);

3) тексерілетін тұлғалар:

• нақты салық төлеушіге (салық агентіне) қатысты тағайындалмаған тақырыптық салықтық тексерулер кезінде – нұсқамада көрсетілген аумақ учаскесіндегі салық төлеуші, оның ішінде ЕАЭО-ға мүше мемлекеттердің және ЕАЭО-ға мүше болып табылмайтын мемлекеттердің салық төлеушісі;
• салықтық тексерулердің басқа нысандары кезiнде – нұсқамада көрсетiлген салық төлеушi (салық агенті).

Арнаулы білім мен дағдыларды талап ететін мәселелерді зерттеу және консультациялар алу үшін салық органы осындай арнаулы білімі мен дағдылары бар маманды, оның ішінде Қазақстан Республикасының өзге де мемлекеттік органдарының лауазымды адамдарын салықтық тексеруге тартуға құқылы.

Кешенді салықтық тексеру

Кешенді салықтық тексеру – бұл салықтардың, бюджетке төленетін төлемдердің барлық түрлері бойынша салықтық міндеттемені және әлеуметтік міндеттемелерді орындау мәселелері бойынша салықтық тексеру.

Кешенді салықтық тексеруге тақырыптық салықтық тексерулер мәселелері енгізілуі мүмкін.

Салық төлеуші таратылған немесе оның қызметі тоқтатылған кезде тек қана кешенді салықтық тексеру (бұдан әрі – таратудың салықтық тексеруі) жүргізіледі.

Резидент – заңды тұлғаның құрылымдық бөлімшесі тіркеу есебінен шығарылған кезде кешенді салықтық тексеру, салық төлеуші осындай тексеруді жүргізуге өтініш берген жағдайды қоспағанда, жүргізілмейді.

Салықтық тексерулер жүргізу мерзімі

ҚР СК 163-бабына сәйкес, егер осы бапта өзгеше белгіленбесе, салық органының нұсқамасында көрсетілген салықтық тексеруді жүргізу мерзімі нұсқама табыс етілген күннен бастап отыз жұмыс күнінен аспауға тиіс.

2. Құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғаларға, ДК-ге және ҚР-да біреуден аспайтын тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттерге қатысты:

1) салық органы тағайындаған салықтық тексеруді жүргізу мерзімін:

• салық органы - 40 жұмыс күніне дейін;
• жоғары тұрған салық органы - 50 жұмыс күніне дейін ұзартуы мүмкін;

      2) уәкілетті орган тағайындаған салықтық тексеруді жүргізу мерзімі 50 жұмыс күніне дейін ұзартылуы мүмкін.

3. Құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғаларға және Қазақстан Республикасында біреуден астам тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттерге қатысты:

      1) салық органы тағайындаған салықтық тексеруді жүргізу мерзімін:

•   салық органы - 65 жұмыс күніне дейін;
• жоғары тұрған салық органы - 160 жұмыс күніне дейін ұзартуы мүмкін;

      2) уәкілетті орган тағайындаған салықтық тексеруді жүргізу мерзімін уәкілетті орган 160 жұмыс күніне дейін ұзартуы мүмкін.

Осы баптың 2 және 3-тармақтарында көрсетілген салықтық тексеруді жүргізу мерзімі осындай тексеруді жүргізу басталған күннен бастап күнтізбелік 180 күннен аспауға тиіс.

4. Салықтық мониторингте тұрған салық төлеушілерге қатысты:

      1) салық органы тағайындаған салықтық тексеруді жүргізу мерзімін:

• салық органы - 75 жұмыс күніне дейін;
• жоғары тұрған салық органы - 180 жұмыс күніне дейін ұзартуы мүмкін;

      2) уәкілетті орган тағайындаған салықтық тексеруді жүргізу мерзімін уәкілетті орган 180 жұмыс күніне дейін ұзартуы мүмкін.

Қандай жағдайларда салықтық тексеру тағайындалады

Салықтық тексеру:

      1) салық төлеуші (салық агенті) өтінішті, талаптарды берген;

      2) Қазақстан Республикасының Қылмыстық іс жүргізу кодексінде көзделген негіздер болған;

      3) салық органы салықтық тексеруді жүргізу туралы шешім қабылдаған.

   4) жер қойнауын пайдалану құқығын жер қойнауын пайдаланудың лицензиялық режиміне қайта ресімдеу жағдайларын қоспағанда, жер қойнауын пайдалануға арналған келісімшарттың қолданылу мерзімі өткен жағдайларда тағайындалады.

Салықтық тексеру нұсқама негізінде жүргізіледі.

Салықтық тексеру бұрын тексерiлген кезең үшiн жүргiзiлуi мүмкiн.

Бұрын тексерілген кезең үшін салықтық тексеру:

      1) салық төлеушінің (салық агентінің) өтініші, талабы, шағымы бойынша;

      2) Қазақстан Республикасының Қылмыстық-процестік кодексінде көзделген негіздер бойынша;

      3) уәкілетті органның шешімі негізінде жүргізіледі.

Салық төлеуші (салық агенті) салықтық тексеру нәтижелері туралы хабарламаға сотқа шағым берген жағдайда, бұрын тексерілген кезеңге шағым жасалған мәселе бойынша салықтық тексеру сот актісі заңды күшіне енгенге дейін жүргізілмейді.

Салықтық тексеруді аяқтау

1. Салықтық тексеру аяқталған соң салық органының салықтық тексеру жүргізген лауазымды адамы салықтық тексеру актісін жасайды.

      Салықтық тексеру актісінде:

  1) жасалған орны мен күні;

      2) тексеру нысаны, тексерілетін кезең;

      3) салық органының салықтық тексеруді жүргізген лауазымды адамдарының лауазымы, тегі, аты және әкесінің аты;

      4) салықтық тексеруді жүргізу кезінде қатысқан жеке кәсіпкерлік субъектілері бірлестіктері өкілдерінің лауазымы, тегі, аты және әкесінің аты;

      5) салық органының атауы;

      6) тексерілген салық төлеушінің (салық агентінің) сәйкестендіру деректері;

      7) тексерілген салық төлеушінің (салық агентінің) банктік деректемелері;

      8) салық төлеуші (салық агенті) басшысының және салықтық есептілік пен бухгалтерлік есептілікті жүргізуге және салықтар мен бюджетке төленетін төлемдерді төлеуге жауапты лауазымды адамдарының тегі, аты және әкесінің аты;

     9) алдыңғы тексеру және бұрын анықталған бұзушылықтарды жою бойынша қабылданған шаралар туралы мәліметтер (кешенді немесе тақырыптық салықтық тексеруді жүргізу кезінде);

      10) тексерілген салық төлеуші (салық агенті) ұсынған құжаттар туралы жалпы мәліметтер;

      11) Қазақстан Республикасы заңнамасының талаптары бұзылған тиісті ережелерін көрсете отырып, анықталған бұзушылықтардың егжей-тегжейлі сипаттамасы;

      12) тексеру нәтижелері қамтылуға тиіс.

Салықтық тексеру актісіне салық құпиясы болып табылатын мәліметтерді қоспағанда, құжаттардың қажетті көшірмелері, салық органының салықтық тексеруді жүргізген лауазымды адамы жасаған есеп-қисаптар және салықтық тексеру барысында алынған басқа да материалдар қоса беріледі.

      2. Салықтық тексеру актісі кемінде екі данада жасалады және оған:

      1) қолын қойғызып жеке табыс еткен жағдайда – салық органының осындай тексеруді жүргізген лауазымды адамдары қол қояды;

      2) электрондық тәсілмен табыс етілген жағдайда – салық органының осындай тексеруді жүргізген лауазымды адамдарының электрондық цифрлық қолтаңбасы арқылы куәландырылады.

      3. Тексерілген салық төлеушіге (салық агентіне) салықтық тексеру актісі табыс етілген күн салықтық тексеру мерзімінің аяқталуы болып есептеледі.

      Салықтық тексеру актісі тексерілген салық төлеушіге (салық агентіне) ұсынылады.

  4. Тексерілген салық төлеушінің (салық агентінің) тұрған жерінде болмауына байланысты оған салықтық тексеру актісін қолын қойғызып жеке табыс ету мүмкін болмаған жағдайда, куәгерлерді тарта отырып, салықтық зерттеп-қарау жүргізіледі және салықтық тексеру актісіне тиісті жазба жасалады.

     Салықтық зерттеп-қарау актісі жасалған күн салықтық тексеру актісін табыс ету күні болып табылады.

      5. Тексерілген салық төлеуші (салық агенті) салықтық тексеру актісін алудан бас тартқан кезде салықтық тексеру актісіне тиісті жазба жасалады және салықтық тексеру актісін алудан бас тарту туралы акт жасалады.

     Салықтық тексеру актісін алудан бас тарту туралы акт жасалған күн салықтық тексеру актісін табыс ету күні болып табылады.

      6. Егер таратудың салықтық есептілігін алған күннен бастап таратудың салықтық тексеруі аяқталған күнге дейінгі кезеңде салықтарды, бюджетке төленетін төлемдерді есептеу, төлеу бойынша салықтық міндеттеме және әлеуметтік міндеттеме туындайтын болса, мұндай міндеттемелер өсімпұл есепке жазылмай және айыппұл санкциялары қолданылмай салықтық тексеру актісіне қосымшада көрсетіледі.

2026 жылғы 1 қаңтарға дейінгі кешенді тексеру

Кешенді тексеру - бұл салық органы салықтардың, бюджетке төленетiн төлемдердің және әлеуметтік төлемдердің барлық түрі бойынша салықтық міндеттеменің орындалу мәселелері бойынша салық төлеушіге (салық агентіне) қатысты жүргізетін тексеруі. (ҚР Салық кодексінің 141-бабы)

ҚР Салық кодексінің 138-бабына сәйкес - Салық органы жүзеге асыратын, Қазақстан Республикасының салық заңнамасы, сондай-ақ орындалуын бақылау салық органдарына жүктелген Қазақстан Республикасының өзге де заңнамасы нормаларының орындалуын тексеру салықтық тексеру болып табылады.

Салықтық тексерулерді тек қана салық органдары жүзеге асырады.

Салықтық тексерулер кешенді, тақырыптық, қарсы тексеру, хронометраждық зерттеп-қарау нысанында жүзеге асырылады.

ҚР Салық кодексінің 141-бабына сәйкес- кешенді тексеруге тақырыптық тексеру мәселелері, оның ішінде мынадай мәселелер:

• банктердiң және банк операцияларының жекелеген түрлерiн жүзеге асыратын ұйымдардың осы Кодексте, сондай-ақ Қазақстан Республикасының Әлеуметтік кодексінде және "Міндетті әлеуметтік медициналық сақтандыру туралы" Қазақстан Республикасының Заңында белгiленген мiндеттердi орындауы;
• халықаралық шарттардың (келiсiмдердiң) ережелерiн қолданудың құқыққа сыйымдылығы;
• трансферттік баға белгілеу;
• акцизделетін тауарлардың жекелеген түрлерінің өндірісін және айналымын, сондай-ақ авиациялық отынның, биоотынның, мазуттың айналымын мемлекеттік реттеу;
• орындалуын бақылау салық органдарына жүктелген Қазақстан Республикасы заңнамасының сақталуы бойынша өзге де мәселелер енгізілуі мүмкін."

Салық төлеуші (заңды тұлғаның құрылымдық бөлімшесі) таратылған (қызметін тоқтатқан) кезде салықтық тексерулер тек қана кешенді тексеру (бұдан әрі – таратудың салықтық тексеруі) нысанында жүргізіледі.

Салық төлеушінің осындай тексеруді жүргізуге арналған салықтық өтінішті ұсыну жағдайларын қоспағанда, резидент-заңды тұлғаның құрылымдық бөлімшесі тіркеу есебінен шығарылған кезде кешенді тексеру жүргізілмейді.

Салықтық тексерулер жүргізу мерзімі

Нұсқамада көрсетілетін салықтық тексерулерді жүргізу мерзімі, егер ҚР СК 146-бабында өзгеше белгіленбесе, Салық кодексінің 146-бабына сәйкес нұсқама табыс етілген күннен бастап отыз жұмыс күнінен аспауға тиіс.

Салықтық тексеру жүргізу мерзімін:

1) осы тармақтың 2) тармақшасында көрсетілген жағдайларды қоспағанда, құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғалар, дара кәсіпкерлер және Қазақстан Республикасында біреуден аспайтын тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер үшін:

• салықтық тексеруді тағайындаған салық органы - қырық бес жұмыс күніне дейін;
• жоғары тұрған салық органы - алпыс жұмыс күніне дейін;

2) құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғалар және Қазақстан Республикасында біреуден астам тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер, сондай-ақ салықтық мониторингке жататын салық төлеушілер үшін:

• салықтық тексеруді тағайындаған салық органы - жетпіс бес жұмыс күніне дейін;
• жоғары тұрған салық органы - жүз сексен жұмыс күніне дейін ұзартуы мүмкін.

Салық кодексінің 146-бабында көрсетілгендей, егер осы баптың 5 және 7-тармағында өзгеше белгіленбесе, ұзарту немесе тоқтата тұру мерзімдерін ескере отырып, кешенді немесе тақырыптық тексеруді жүргізу мерзімі:

1) осы тармақтың 2) тармақшасында көрсетілген жағдайларды қоспағанда, құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғалар, дара кәсіпкерлер және Қазақстан Республикасында біреуден аспайтын тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер үшін – алпыс жұмыс күнінен;

2) құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғалар және Қазақстан Республикасында біреуден астам тұрған жері болған кезде қызметін тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асыратын бейрезиденттер, сондай-ақ салықтық мониторингке жататын салық төлеушілер үшін – бір жүз сексен жұмыс күнінен аспауға тиіс.