Автоматтандырылған бақылау – бұл салық төлеушілердің жекелеген санатына жатқызылған салық төлеуші жазып берген ЭШФ-ға салық органының ақпараттық жүйесінде тіркеу нөмірін берудің автоматтандырылған процесі.

ЭШФ – электрондық шот-фактура - бұл сатушы тауарларды сату, жұмыстарды орындау немесе қызметтерді көрсету кезінде ұсынатын, ал сатып алушы өз кезегінде оны белгіленген мерзімде растайтын электрондық салық құжаты. Бұл құжат тауарлар тиелгенін немесе қызметтер көрсетілгенін растайды және ҚҚС сомасын қоса алғанда, олардың құнын белгілейді.

Құжат мемлекеттік ақпараттық жүйе (ЭШФ АЖ) арқылы ресімделеді және электрондық цифрлық қолтаңбамен қол қойылады. ЭШФ қағаз шот-фактурасын ауыстырады және осындай заңды күшке иелік етеді.
ЭШФ сондай-ақ ҚҚС бойынша салық міндеттемелерін орындауды және жеткізу тізбегі бойынша тауарлар қозғалысын қадағалаудың электрондық жүйесінің элементі болып табылады.

Қазақстанда 2014 жылғы 1 шілдеден бастап Салық кодексінің электрондық шот-фактураларды жазып беру туралы ережелері қолданысқа енгізілді, ал 2015 жылғы 22 ақпанда электрондық нысанда жазып берілетін шот-фактуралардың құжат айналымы қағидалары («Қағидалар») бекітілді және «ЭШФ ақпараттық жүйесі» бағдарламалық қамтамасыз етуі енгізілді.

Жаңа Салық кодексі (2025 жылғы 18 шілдедегі № 214-VIII ҚР Кодексі) 2026 жылғы 1 қаңтардан бастап күшіне енді.

Салық реформасы шеңберінде 2026 жылғы 1 қаңтардан бастап күшіне енетін өзгерістер электрондық шот-фактураларға қатысты болды.

Мемлекет басшысы қол қойған жаңа Салық кодексінде (2025 жылғы 18 шілдедегі № 214-VIII ҚРЗ Кодексі) ЭШФ жазып берілуін бақылауға арналған 13-тарау көзделген.

ЭШФ жазып берілуін бақылау жоғары тәуекелі бар ЭШФ жазып берілуінің жолын кесу мақсатында жүргізіледі.

Салық кодексінде ЭШФ жазып берілуін бақылаудың 2 түрі көзделген:

1. автоматтандырылған бақылау;
2. салыстырмалы бақылау.

ЭШФ жазып берілуін автоматтандырылған бақылау

Автоматтандырылған бақылау - бұл салық төлеушілердің жекелеген санатына жатқызылған салық төлеуші жазып берген ЭШФ-ға салық органының ақпараттық жүйесінде тіркеу нөмірін берудің автоматтандырылған процесі. (ҚР СК 139-бабы)

Автоматтандырылған бақылау жүргізілетін салық төлеушілердің санаттарын уәкілетті орган бекітеді.

Салық шотын жүргізетін уәкілетті орган:

1) қосылған құн салығының (бұдан әрі осы параграфтың мақсатында – салық) баланстық сомасын есепке алу;

2) электрондық шот-фактуралардың жазып берілуін қамтамасыз ету шотына аударылған салық төлеушінің ақшасының сақталуын қамтамасыз ету;

3) электрондық шот-фактураны жазып беру үшін пайдаланылған салық төлеушінің ақшасын бюджетке аударуды қамтамасыз ету;

4) салық төлеушінің электрондық шот-фактура жазып беру үшін пайдаланылмаған ақшасын қайтару арқылы айқындаған заңды тұлға автоматтандырылған бақылау операторы болып танылады.

Автоматтандырылған бақылауды жүргізу қағидаларын уәкілетті орган белгілейді және олар мыналарды:

1. салық шотын жүргізу тәртібін;
2. салықтың баланстық сомасын есепке алу тәртібін;
3. салық шотын салық төлеушінің толықтыру тәртібін;
4. электрондық шот-фактура жазып беру үшін пайдаланылған салық төлеушінің ақшасын бюджетке аудару тәртібін;
5. салық төлеушінің ақшаны қайтару туралы өтінішін беру және оны қарау тәртібі мен мерзімдерін;
6. салық төлеушіге ақшаны қайтару тәртібін;
7. автоматтандырылған бақылауды жүргізу кезеңін қамтуға тиіс.

Әрбір ЭШФ-ға тіркеу нөмірі берілетінін атап өту маңызды. Егер ЭШФ-ға тіркеу нөмірі берілмеген жағдайда, ол жазып берілмеген болып есептеледі.

Автоматтандырылған бақылау жүргізу тәртібі

1. Автоматтандырылған бақылау барысында салық органының ақпараттық жүйесінде салықтық есеп-қисап жүргізіледі.

Салықтық есеп-қисап мынадай формула бойынша жүргізіледі:

      Б = ҚҚС1+ҚҚС2+ҚҚС3+ҚҚС4-ҚҚС5-ҚҚС6, мұндағы:

      Б - салықтың баланстық сомасы;

     ҚҚС1 – салық төлеуші алған электрондық шот-фактураларда көрсетілген салықтың жалпы сомасы;

     ҚҚС2 – ЕАЭО-ның кеден заңнамасына және (немесе) Қазақстан Республикасының кеден заңнамасына сәйкес импорт кезінде төленген салықтың жалпы сомасы;

     ҚҚС3 – бейрезиденттен жұмыстарды, көрсетілетін қызметтерді сатып алу кезінде төленген салықтың жалпы сомасы;

     ҚҚС4 – салық бойынша тіркеу есебіне қойылған күнге дейін салық төлеуші сатып алған, жасаған, салған тауарлар бойынша есепке жатқызылатын салықтың жалпы сомасы;

     ҚҚС5 – салық төлеуші жазып берген электрондық шот-фактураларда көрсетілген салықтың жалпы сомасы;

     ҚҚС6 – тауарлар қалдығы түрінде айналымдар жөніндегі салық бойынша тіркеу есебінен алу кезінде есепке жазылған салықтың жалпы сомасы.

     Салықтық есеп-қисап нәтижелері салық органының ақпараттық жүйесінде және салық шотында көрсетіледі.

Салықтық есеп-қисап қорытындысы бойынша, егер электрондық шот-фактурада көрсетілген салық сомасы салықтың баланстық сомасынан аспаса, онда мұндай электрондық шот-фактураға тіркеу нөмірі автоматты түрде беріледі.

Тіркеу нөмірі берілмеген электрондық шот-фактура жазып берілмеген болып есептеледі.

Салық төлеуші салықтың баланстық сомасын ұлғайту үшін салық шотын өзінің ақшасымен толықтыруға құқылы.

Электрондық шот-фактураны жазып беру үшін пайдаланылмаған ақша салық төлеушінің банктік шотына оның қаражатты қайтару туралы өтініші бойынша бір жұмыс күні ішінде қайтарылуға жатады.

Қайтаруға мәлімделмеген ақша келесі салықтық кезеңнің электрондық шот-фактураларын жазып беруді қамтамасыз ету есебіне пайдаланылады.

Есепті салықтық кезеңнің қорытындылары бойынша электрондық шот-фактураны жазып беру үшін пайдаланылған қаражат салық төлеу есебіне есепке жатқызылады.

ЭШФ жазып берілуін салыстырмалы бақылау

ҚР СК 141-бабына сәйкес салыстырмалы бақылау – салық төлеуші жазып берген электрондық шот-фактураларды:

1. оның өнім берушілері жазып берген электрондық шот-фактуралардың;
2. салықтық есептіліктің;
3. салық төлеушінің қызметі жөніндегі өзге де уәкілетті мемлекеттік органдардың, оның ішінде салық салу объектілері және (немесе) салық салуға байланысты объектілер туралы мәліметтердің;
4. банктік шоттар бойынша екінші деңгейдегі банктер мәліметтерінің деректерімен салыстыру арқылы салық органы жүзеге асыратын іс-шара.

ЭШФ жазып берілуін салыстырмалы бақылау жүргізудің мақсаты - тауарларды өткізу, жұмыстарды орындау және қызметтерді көрсету жөніндегі айналымның іс жүзінде жасалғанын анықтау.

Салыстырмалы бақылау талап қоюдың ескіру мерзімі шегінде жазып берілген ЭШФ бойынша жүзеге асырылады.

Жүргізілген салыстырмалы бақылау нәтижелері бойынша салық органы іс жүзінде жасалғанына күмән келтіретін тауарларды өткізу, жұмыстарды орындау және қызметтерді көрсету жөніндегі операциялар анықталған жағдайда, осындай өткізу жөнінде айналым жасаған салық төлеушіге тауарларды өткізу, жұмыстарды орындау және қызметтерді көрсету жөніндегі айналымның іс жүзінде жасалғанын растау туралы хабарлама ұсынылады.

Егер салық төлеуші ұсынылған хабарламамен:

1. келіссе, онда ЭШФ-ны қайтарып алады және оларды қайтарып алу туралы түсініктеме береді;
2. келіспесе, онда операциялар (мәмілелер) және (немесе) тауарлардың шығу тегі бойынша құжаттардың, сондай-ақ іс жүзінде жұмыстардың орындалуын, қызметтердің көрсетілуін растайтын кез келген басқа құжаттардың көшірмелерін міндетті түрде қоса бере отырып, айналымның іс жүзінде жасалғанын растайтын негіздемемен түсінік беру арқылы орындайды.

Түсінік еркін нысанда ұсынылады және мыналарды:

• салық төлеушінің және хабарламаны ұсынған салық органының сәйкестендіру деректерін;
• хабарламаның күні мен нөмірін;
• келіспеу негіздемесін қамтуға тиіс.

Салық төлеуші түсінікке өз дәлелдерін растайтын құжаттардың көшірмелерін қоса беруге құқылы.

Салық органы түсінік келіп түскен күннен кейінгі он жұмыс күні ішінде хабарламаны орындалмады деп тану туралы шешім шығарады.

Хабарламаны орындалмады деп тану туралы шешім шығарылған күнінен кейінгі екі жұмыс күні ішінде салық төлеушіге ұсынылады.

Салық органы шешім шығарылған күннен кейінгі бір жұмыс күні ішінде ЭШФ жазып беруді тоқтата тұрады.

Салық төлеуші хабарламаны орындамаған кезде салық органы осындай хабарламаны орындау мерзімі өткен күннен кейінгі бір жұмыс күні ішінде:

1. салық төлеушінің банктік шоттары бойынша шығыс операцияларын тоқтата тұру туралы өкім шығарады;
2. ЭШФ жазып берілуін тоқтата тұрады.

ЭШФ жазып беру тоқтатыла тұрған салық төлеушілер туралы мәліметтер ЭШФ жазып беруді тоқтата тұру туралы шешім шығарылған күннен кейінгі бір жұмыс күні ішінде уәкілетті органның интернет-ресурсында орналастырылады.