В соответствии с пунктом 1 статьи 322 Налогового кодекса доходами работника, подлежащими налогообложению, являются следующие доходы, начисленные работодателем, являющимся налоговым агентом, и признанные, в том числе, в бухгалтерском учете работодателя, в качестве расходов (затрат) в соответствии с законодательством Республики Казахстан о бухгалтерском учете и финансовой отчетности:

1) подлежащие передаче работодателем работнику в собственность деньги в наличной и (или) безналичной формах в связи с наличием трудовых отношений;

2) доходы работника в натуральной форме в соответствии со статьей 323 настоящего Кодекса;

3) доходы работника в виде материальной выгоды в соответствии со статьей 324 настоящего Кодекса.

На основании статьи 323 Налогового кодекса доходом работника в натуральной форме, подлежащим налогообложению, являются:

4) оплата работодателем работнику или третьим лицам стоимости товаров, выполненных работ, оказанных услуг, полученных работником от работодателя или третьих лиц.

Таким образом, возмещение работодателем работнику расходов на проезд признается доходом работника в натуральной форме, который облагается всеми зарплатными налогами и социальными платежами: ОПВ, ВОСМС, ИПН, СО, СН, ООСМС. 

Доход работнику начисляется через заработную плату отдельным видом начисления. Начисление дохода работнику оформляете на основании первичных документов: подтверждающих оплату за проезд и проездных документов.