Недостача – это нехватка, зафиксированное отрицательное отклонение фактических данных от учетных, выраженное в количественной и денежной единице.

Согласно Приказу Министра финансов Республики Казахстан от 31 марта 2015 года № 241.Об утверждении Правил ведения бухгалтерского учета:

60. В целях обеспечения достоверности данных бухгалтерского учета и финансовой отчетности проводится инвентаризация активов и обязательств не менее одного раза в год.

61. Инвентаризации подлежит все имущество независимо от его местонахождения, а также не принадлежащее субъекту, но числящееся в бухгалтерском учете (находящееся на ответственном хранении, арендованное согласно договору, полученное для переработки, принятое на комиссию), а также имущество, не учтенное по каким-либо причинам, и все виды обязательств.

62. Независимо от принадлежности к различным субъектам предпринимательства инвентаризация проводится:

1) при смене материально ответственных лиц (на день приемки-передачи дел);

2) при установлении фактов хищений или злоупотреблений, а также порчи имущества;

3) в случае стихийных бедствий, пожара, аварий или других чрезвычайных ситуаций, вызванных экстремальными условиями;

4) при реорганизации субъекта перед составлением разделительного бухгалтерского баланса.

71. Выявленные при инвентаризации (расхождения фактического наличия имущества с данными бухгалтерского учета) излишки признаются доходом и подлежат оприходованию, недостачи признаются расходом или, в случае установления виновного лица, его задолженностью.

72. Комиссия выявляет причины недостач или излишков, обнаруженных при инвентаризации. Выводы, предложения и решения комиссии оформляются протоколом, утвержденным руководством субъекта.
Таким образом, по требованию нормативного акта материально ответственное лицо должно присутствовать при инвентаризации имущества.

По окончании инвентаризации оформленные инвентаризационные акты и описи, сличительные ведомости сдаются в бухгалтерию. Оценка выявленных при инвентаризации неучтенных объектов и товаров должна быть произведена с учетом действующих цен и условий воспроизводства. Инвентаризационная комиссия должна установить, когда возведены или приобретены выявленные инвентаризацией неучтенные объекты, источники финансирования произведенных затрат, и отразить это в протоколе. Важным документом при инвентаризации является протокол инвентаризационной комиссии, в котором приводят подробные сведения о причинах и виновниках излишков и недостач, а также о мерах, которые следует принять по отношению к виновным и по предупреждению отрицательных явлений в дальнейшем. 

Согласно статье 243 НК РК расходы налогоплательщика в размере балансовой стоимости товаров, не отнесенной ранее на вычеты, в связи с утратой, порчей которых или наступлением страхового случая по которым от лица, нанесшего ущерб, или страховой организации получены суммы компенсации ущерба, в том числе в виде страховой выплаты, подлежат вычету в пределах суммы полученной компенсации в периоде, на который приходится дата получения суммы компенсации ущерба.

Под утратой товара понимается событие, в результате которого произошли уничтожение или потеря товара. Не является утратой потеря товаров, понесенная налогоплательщиком в пределах норм естественной убыли, установленных законодательством Республики Казахстан.

В случае возмещения компенсации виновным лицом за нанесенный ущерб по товарам вы имеете право на вычет с/с товара в налогом учете в размере полученной компенсации в целях исчисления КПН.

Соответственно, если сумма стоимости недостачи товара не будет возмещена виновным лицом, то  согласно статье 264 НК РК, пункт 1, вычету не подлежат: затраты, не связанные с деятельностью, направленной на получение дохода.

Товар вами не использовался в предпринимательской деятельности, а вы его списываете в связи с недостачей и не получаете компенсацию за недостачу товара, то,  соответственно, себестоимость товара в НУ не будет отнесена на вычеты в целях исчисления КПН.

Согласно статье 404 НК РК, пункт 2 подпункт 2, уменьшение суммы налога на добавленную стоимость, относимого в зачет, производится в следующих случаях:

- по товарам в случае их порчи, утраты (под утратой товара понимается событие, в результате которого произошли уничтожение или потеря товара).

По списанному товару в результате недостачи необходимо произвести корректировку НДС из зачета.

Недостача товара в 1С оформляется документом Списание ТМЗ, в котором проставляется галочка - Корректировать НДС.

Проводка по списанию недостачи:

В случае возмещения ущерба:

Дт 1284  Кт 1320

Дт 1284  Кт 1421

В случае списания товара без возмещения ущерба:

Дт 7480 (Прочие расходы, не идущие на вычет)  Кт 1320

Дт 7480  Кт 1421

Проводки в ответе даны на основании Приказа МФ РК от 02.10.2018 года № 877 «О внесении изменения в приказ Министра финансов Республики Казахстан от 23 мая 2007 года № 185 «Об утверждении Типового плана счетов бухгалтерского учета.