Согласно ст. 101 Налогового кодекса РК: 

Зачеты и  возвраты производятся по излишне уплаченной (взысканной) сумме налога, платежа в бюджет (за исключением сборов и плат, не подлежащих возврату).
Излишне уплаченной (взысканной) суммой налога (за исключением налога на добавленную стоимость), платежа в бюджет, пени является положительная разница между уплаченной (взысканной) в бюджет (за минусом зачтенной и возвращенной) и исчисленной, начисленной (за минусом уменьшенной) суммами по данному виду налога (за исключением налога на добавленную стоимость), платежа в бюджет, пени на дату проведения зачета и (или) возврата.
Излишне уплаченной (взысканной) суммой налога на добавленную стоимость является положительная разница между уплаченной (взысканной) в бюджет (за минусом зачтенной и возвращенной) и исчисленной, начисленной (за минусом уменьшенной) суммами налога на добавленную стоимость за налоговый период с учетом расчетов по налогу на добавленную стоимость за предыдущие налоговые периоды.

Зачет и возврат излишне уплаченной (взысканной) суммы налога, платежа в бюджет (за исключением сборов и плат, не подлежащих зачету и возврату), пени производятся налоговым органом в национальной валюте в следующем порядке:

по месту ведения лицевых счетов по соответствующему налогу, платежу в бюджет, пени – на основании сведений таких лицевых счетов;

по месту уплаты платежей в бюджет, по которым лицевые счета не ведутся, – на основании представленных налогоплательщиком документов, выданных соответствующим уполномоченным государственным органом либо полученных посредством электронной базы и (или) на бумажных носителях, подтверждающих несовершение действий, для осуществления которых предусмотрена уплата платежей в бюджет.

Зачет и возврат излишне уплаченной (взысканной) суммы налога, платежа в бюджет, пени производятся налоговым органом в течение пяти рабочих дней, исчисляемых в следующем порядке:

1) в случае проведения зачета и возврата на основании налогового заявления – со дня регистрации такого заявления налоговыми органами;

2) в случае проведения зачета без заявления – со дня образования излишне уплаченной суммы на лицевом счете налогоплательщика.

Возврат излишне уплаченной (взысканной) суммы налога, платежа в бюджет, пени производится налоговым органом на банковский счет налогоплательщика на основании его налогового заявления при отсутствии налоговой задолженности в бюджет.

При наличии налоговой задолженности налоговый орган производит зачет излишне уплаченной суммы налога, платежа в бюджет, пени в счет погашения имеющейся налоговой задолженности без представления налогового заявления на зачет.

В случае, если налогоплательщиком является юридическое лицо, зачет излишне уплаченной суммы налога, платежа в бюджет, пени производится в счет погашения имеющейся налоговой задолженности юридического лица и его структурных подразделений без представления налогового заявления на зачет.

Возврату подлежит остаток суммы излишне уплаченного налога, платежа в бюджет, пени после проведения зачета, предусмотренного настоящим пунктом.

Порядок возврата и (или) зачет сумм неналоговых поступлений регламентируется «Правилами исполнения бюджета и его кассового обслуживания», утвержденными приказом  МФ РК от 4 декабря 2014 года № 540.

П. 148 Правил: В уполномоченный орган, ответственный за взимание поступлений в бюджет, по месту уплаты от плательщиков предоставляется письменное заявление с приложением копии платежного документа об уплате.

В заявлении о возврате и (или) зачете плательщика - юридического лица, физического лица (индивидуального предпринимателя) указываются следующие сведения:

1) наименование заявителя (для юридических лиц, структурных подразделений, филиалов) или фамилия, имя и отчество (для физических лиц, индивидуальных предпринимателей, адвокатов и частных нотариусов);

2) ИИН/БИН (нерезидент указывает при наличии), БИК, ИИК (при их наличии);

3) адрес заявителя;

4) номер удостоверения личности, паспорта или заменяющего их документа и кем он выдан (для физических лиц, индивидуальных предпринимателей, адвокатов и частных нотариусов);

5) наименование поступлений, администрируемых уполномоченными органами, по которому образовалась излишне (ошибочно) уплаченная сумма;

6) сумма, подлежащая возврату и (или) зачету;

7) в случае зачета - код бюджетной классификации, наименование поступления в бюджет, на который зачитывается излишне (ошибочно) уплаченная сумма, БИН и наименование органа государственных доходов;

8) реквизиты платежных документов об уплате в бюджет - номер платежного документа и дата;

9) фактически внесенная сумма в бюджет;

10) в случае возврата на банковский счет - номер банковского счета получателя и наименование банка или организации, осуществляющей отдельные виды банковских операций, БИК, ИИК.

Уполномоченный орган, ответственный за взимание поступлений в бюджет составляет заключение по форме согласно приложению 66 к настоящим Правилам в 3-х экземплярах.

Один экземпляр предоставляет в орган государственных доходов, для формирования платежного поручения на возврат и/или зачет поступлений в следующие сроки:

• не позднее 4-х рабочих дней со дня поступления заявления от плательщика на зачет;

• не позднее 8-и рабочих дней со дня поступления заявления от плательщика на возврат.

Второй экземпляр заключения направляется плательщику, третий - остается в уполномоченном органе.

Уполномоченный орган, ответственный за взимание поступлений в бюджет, при составлении заключения на возврат и/или зачет обеспечивает соблюдение требований законодательства Республики Казахстан, также достоверность данных, содержащихся в заключении, и несет ответственность за их несоблюдение/несоответствие.

Заключения регистрируются уполномоченным органом в Журнале регистрации заключений на возврат и/или зачет излишне (ошибочно) уплаченных сумм поступлений в бюджет по форме согласно приложению 67 к настоящим Правилам.

Перечень уполномоченных органов, ответственных за взимание неналоговых поступлений в республиканский бюджет, а также за возврат и /или зачет, утвержден приказом МФ РК от 07.02.2018 года № 136.