ЭСФ – электронный счет-фактура - это электронный налоговый документ, который продавец выставляет при продаже товаров, выполнении работ или оказании услуг, а покупатель, в свою очередь, подтверждает его в установленные сроки. Данный документ подтверждает, что товары отгружены или услуги оказаны, и фиксирует их стоимость, включая сумму НДС. 

Документ оформляется через государственную информационную систему (ИС ЭСФ) и подписывается электронной цифровой подписью. ЭСФ заменяет бумажный счет-фактуру и имеет такую же юридическую силу.
ЭСФ также является элементом электронной системы прослеживаемости исполнения налоговых обязательств по НДС и движения товаров по цепочке поставок.

В Казахстане с 1 июля 2014 года были введены в действие положения Налогового кодекса о выписке электронных счетов-фактур, а 22 февраля 2015 года утверждены Правила документооборота счетов-фактур, выписываемых в электронной форме («Правила») и внедрено программное обеспечение «Информационная система ЭСФ».

Новый Налоговый кодекс (Кодекс РК от 18 июля 2025 года № 214-VIII ЗРК) вступил в силу с 1 января 2026 года.

В рамках налоговой реформы изменения, вступающие в силу с 1 января 2026 года, коснулись электронных счетов-фактур.

В новом Налоговом кодексе (Кодекс РК от 18 июля 2025 года № 214-VIII ЗРК), подписанном Главой государства, предусмотрена 13 Глава, посвященная контролю выписки ЭСФ.

Контроль выписки ЭСФ проводится в целях пресечения выписки ЭСФ с высоким риском.

В Налоговом кодексе предусмотрено 2 вида контроля выписки ЭСФ:

1. автоматизированный контроль;
2. сопоставительный контроль.

Автоматизированный контроль выписки ЭСФ

Автоматизированный контроль представляет собой автоматизированный процесс присвоения в информационной системе налогового органа регистрационного номера ЭСФ, выписанному налогоплательщиком, отнесенному к отдельной категории налогоплательщиков. (ст. 139 НК РК)

Категории налогоплательщиков, в отношении которых проводится автоматизированный контроль, утверждаются уполномоченным органом.

Правила проведения автоматизированного контроля также устанавливаются уполномоченным органом и должны содержать:

1. порядок ведения налогового счета;
2. порядок учета балансовой суммы налога;
3. порядок пополнения плательщиком налога налогового счета;
4. порядок перечисления в бюджет денег плательщика налога, использованных для выписки электронного счета-фактуры;
5. порядок и сроки подачи и рассмотрения заявления плательщика налога о возврате денег;
6. порядок возврата денег плательщику налога;
7. период проведения автоматизированного контроля.

Важно отметить, что каждому ЭСФ присваивается регистрационный номер. В случае, если ЭСФ не присвоен регистрационный номер, он считается не выписанным.

Согласно ст. 141 НК РК сопоставительный контроль - мероприятие, осуществляемое налоговым органом путем сопоставления выписанных налогоплательщиком электронных счетов-фактур с данными:

1. электронных счетов-фактур, выписанных его поставщиками;
2. налоговой отчетности;
3. сведений иных уполномоченных государственных органов по деятельности налогоплательщика, в том числе об объектах налогообложения и (или) объектах, связанных с налогообложением;
4. сведений банков второго уровня по банковским счетам.
   

Цель проведения сопоставительного контроля выписки ЭСФ - установление фактического совершения оборота по реализации товаров, оказанию работ и услуг.

Сопоставительный контроль осуществляется по выписанным в пределах срока исковой давности ЭСФ.

Если по результатам проведенного сопоставительного контроля у налогового органа возникают сомнения в фактическом совершении операций по реализации товаров, выполнению работ и оказанию услуг, то налогоплательщику представляется уведомление о подтверждении фактического совершения оборота по реализации товаров, выполнению работ и оказанию услуг.

Если налогоплательщик с выставленным уведомлением:

1. согласен, то отзывает ЭСФ и представляет пояснения об их отзыве;
2. не согласен, то  с отсутствием факта совершения оборота по ЭСФ, указанным в уведомлении, путем представления пояснения с обоснованием, подтверждающим фактическое совершение оборота, с обязательным приложением копий документов по операциям (сделкам) и (или) по происхождению товаров, а также любых других документов, подтверждающих фактическое выполнение работ, оказание услуг.

Пояснение представляется в произвольной форме и должно содержать:

• идентификационные данные налогоплательщика и налогового органа, представившего уведомление;
• номер и дату уведомления;
• обоснование несогласия.

Налогоплательщик вправе приложить  к пояснению копии документов, подтверждающих его доводы.

Налоговый орган в течение десяти рабочих дней, следующих за днем поступления пояснения, выносит решение о признании уведомления неисполненным.

Решение о признании уведомления неисполненным представляется налогоплательщику в течение двух рабочих дней, следующих за днем его вынесения.

Налоговый орган в течение одного рабочего дня, следующего за днем вынесения решения, приостанавливает выписку ЭСФ.

При неисполнении налогоплательщиком уведомления налоговый орган в течение одного рабочего дня, следующего за днем истечения срока исполнения такого уведомления:

1. выносит распоряжение о приостановлении расходных операций по банковским счетам налогоплательщика;
2. приостанавливает выписку ЭСФ.

Сведения о налогоплательщиках, которым приостановлена выписка ЭСФ, размещаются на интернет-ресурсе уполномоченного органа в течение одного рабочего дня, следующего за днем вынесения решения о приостановлении выписки ЭСФ.