Как пополнить баланс телефона сотрудника, чтобы отнести на вычеты расходы по сотовой связи?

Если руководитель на работе пользуется сотовой связью со своего телефона на деловые переговоры, каким образом можно будет пополнить баланс личного номера руководителя за счет организации и как отнести на вычеты расходы по сотовой связи?

Вам целесообразно заключить договор аренды телефона и сотового номера с работником.
В таком случае пополнение баланса  вы можете осуществлять.
Но при этом, согласно пункту 3 статьи 242 Налогового кодекса РК:
Вычеты производятся налогоплательщиком по фактически произведенным расходам при наличии документов, подтверждающих такие расходы, связанные с его деятельностью,...