Пунктом 16 статьи 263 Налогового кодека установлено, что в случае, предусмотренном подпунктом 3) пункта 15 данной статьи, получатель товаров, работ, услуг вправе обратиться к поставщику для подтверждения факта проезда на воздушном транспорте в целях отнесения в зачет суммы налога на добавленную стоимость по услугам перевозки, оказанным таким поставщиком, а поставщик обязан выписать бесплатно:
документ, подтверждающий факт проезда физического лица на воздушном транспорте,
или
счет-фактуру, выписка которого должна осуществляться с соблюдением положений данной статьи, в том числе в части указания в сведениях о получателе товаров, работ, услуг реквизитов юридического лица, через доверенное лицо которого осуществляется приобретение услуги по перевозке на воздушном транспорте, или индивидуального предпринимателя, приобретающего услуги по перевозке на воздушном транспорте.
Таким образом, плательщик НДС при наличии посадочного талона или документа, подтверждающего факт проезда на воздушном транспорте, выданного перевозчиком, и документа, подтверждающего факт оплаты стоимости электронного билета, вправе отнести в зачет сумму НДС, которая выделена отдельной строкой в электронном билете, выдаваемом на воздушном транспорте, без наличия счета-фактуры.
Более подробно в Письме НК МФ РК от 21.08.2013 года № НК-21-ЮЛ-3-918-НК-6419 Относительно отнесения в зачет суммы НДС, по электронному билету, выдаваемому на воздушном транспорте