Можно ли ТОО на розничном налоге иметь в составе участника, у которого ИП тоже на розничном налоге?

ТОО на режиме розничного налога, в составе учредителей физлицо, имеющее ИП тоже на розничном налоге.
Можно ли иметь ТОО на розничном налоге участника, у которого ИП тоже на розничном налоге?

Да, можно.

Согласно пункту 2 статьи 696-3 НК в действующей пока редакции не вправе применять специальный налоговый режим розничного налога юридические лица, у которых учредитель или участник одновременно является учредителем или участником другого юридического лица, применяющего специальный налоговый режим. Согласно  статье 33 Гражданского ...