Почему начисляется пеня по НДС?

Пеня по НДС. Почему начисляется пеня при уменьшении зачета по НДС? Т.е. оборот не менялся, только уменьшилась сумма зачета. На начало периода была переплата, на конец периода она уменьшилась, но не закончилась. Сдали дополнительную декларацию по уведомлению, которое прислали для сведения, и система насчитала пеню.

На основании ст. 117 Налогового кодекса РК пеней признается установленный пунктом 2 статьи 117 НК РК размер, начисляемый на не уплаченную в срок сумму налогов и платежей в бюджет, в том числе авансовых и (или) текущих платежей по ним.

Пеня начисляется:

1) независимо от применения других способов обеспечения исполнения не выполненного в срок налогового обязательства...