Вычет 14 МРП: трудовой договор или договор ГПХ?

ТОО, ОУР, плательщик НДС. Сотрудник получает доходы от работодателя и применяется вычет 14 МРП. Также с этим сотрудником заключен договор ГПХ по аренде авто.
Должен ли применяться вычет 14 МРП с дохода по договору ГПХ?

Нет, не должен.

Согласно статье 343 НК налоговые вычеты, за исключением налогового вычета в виде обязательных пенсионных взносов и взносов на обязательное социальное медицинское страхование и социальных отчислений, удерживаемых с доходов по договорам гражданско-правового характера, предметом которых является выполнение работ (оказание услуг), применяются налоговым агентом...