Взаиморасчеты между генподрядчиком и субпорядчиком

Между Генподрядчиком и субпорядчиком был заключен договор на выполнение субподрядных работ, где предусмотрен пункт об удержании от перечисляемой субподрядчику суммы, согласно акта выполненных работ, банковские и другие услуги в размере 0,4%.  Главный бухгалтер Генподрядной организации не выписывает счет-фактуру на генуслуги, аргументируя, что субподрядная организация может взять генуслуги на затраты без счет-фактуры на основании договора.  Правомерны ли действия генподрядной организации?

Ответ:
Считаю, что бухгалтер генподрядной организации не имеет права , приняв от субподрядчика счёт-фактуру и акт на выполненные работы, отразить его в учете сразу на сумму комиссии меньше. А поэтому, отразив документы подрядчика 1 к 1, у генподрядчика образуется кредиторскаяя задолженность. Если генподрядчик перечислит денежные средства за минусом комиссии ( согласно договора), то часть кредиторской...