Должен ли генподрядчик выписывать счет-фактуру на генподрядные услуги субподрядчику?

Мы являемся генподрядчиком, с субподрядчиком в договоре прописано 4% генподрядные услуги, которые мы должны удержать с объема выполненных работ субподрядчиком. Должен ли генподрядчик выписывать счет-фактуру на генподрядные услуги субподрядчику? Если выписать, то получается, мы НДС 12% должны заплатить с этой суммы?

Ответ изложен из предположения автора, что 4% по договору - это не гарантия, а именно услуги, оказанные генподрядчиком.

НОРМАТИВНАЯ БАЗА:

В соответствии с пунктом 1 статьи 412 Налогового кодекса при совершении оборота по реализации товаров, работ, услуг обязаны выписать счет-фактуру:

1) плательщики налога на добавленную стоимость, предусмотренные подпунктом ...