Как ведется раздельный учет по НДС у Заказчика?

Как ведется раздельный учет по НДС у Заказчика? Как применяют НДС в зачет, если не все виды работ выполняет Генподрядчик?

По ст. 396 НК освобождаются от налога на добавленную стоимость:

1) реализация жилого здания (части жилого здания), кроме части жилого здания, состоящей исключительно из нежилых помещений;

2) передача в аренду (субаренду) жилого здания (части жилого здания), кроме части жилого здания, состоящей исключительно из нежилых помещений;

3) услуги по организации проживания...