При этом задолженность меньше чем остаточная стоимость, на момент покупки авто ТОО было плательщиком НДС на данный момент   снят с учета добровольно. Как правильно оформить данную операцию, какие налоги придется оплачивать ТОО от такой сделки?

Да, можно продать ОС сотруднику в счет заработной платы, имейте ввиду,  что согласно статье  137 ТК РК  удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности перед организацией, в которой он работает, могут производиться на основании акта работодателя при наличии письменного согласия работника. Также в договоре купли-продажи необходимо прописать что задолженность за автомобиль будет...