Мы филиал иностранной компании, согласно НК РК и Соглашения об избежание двойного налогообложения между нашими странами, относим на вычеты сумму общеадминистративных управленческих расходов по выбранному методу (в нашем случае-пропорциональный). Все условия выполняются по отнесению.
Должен ли ПУ отражать в бух учете сумму отнесенных на вычет управленческих расходов головной компании?

Ответ:
Нормативная база.
Положения БУ и ФО       
Согласно п. 5 ст. 198 НК на вычеты относятся расходы, непосредственно связанные с получением доходов от деятельности в Республике Казахстан через постоянное учреждение, независимо от того, понесены они в Республике Казахстан или за ее пределами, за исключением расходов, не подлежащих вычету в соответствии с настоящим Кодексом.
...