Выписывается ли счет-фактура при претензии на сумму штрафа?

ТОО, общеустановленный режим, плательщики НДС. При перевозке товара транспортной компанией были обнаружены следы доступа к товару и выявлена недостача. На сумму выявленной недостачи мы предъявили транспортной компании претензию. Они согласны с ней, но просят нас выписать счет-фактуру.  Должны ли мы выставлять счет-фактуру? И на основании какого нормативного документа?

Ответ:
Нормативная база.
Положения НК
Согласно п. 2 ст. 263 НК плательщик налога на добавленную стоимость обязан при осуществлении оборотов по реализации товаров, работ, услуг выписать получателю указанных товаров, работ, услуг счет-фактуру. Согласно ст. 230, 231 Налогового кодекса облагаемым оборотом является оборот, совершаемый плательщиком налога на добавленную стоимость:
2)    по...