Он стал министром по экономике и финансовой политике ЕЭК. Решение о назначении Сагинтаева членом коллегии ЕЭК было вынесено 23 мая в Москве. В этой должности он сменил Руслана Бекетаева. Бакытжан Сагинтаев назначен на оставшийся срок полномочий, определенный при назначении Бекетаева.
Бакытжан Сагинтаев освобожден от должности акима Алматы в январе 2022 года в связи с переходом на другую работу. Он занимал пост акима Алматы с 28 июня 2019 года.
