Главой 46 Налогового Кодекса РК определен зачет по налогу на добавленную стоимость. 

В зачет получателем товаров, работ, услуг, являющимся плательщиком налога на добавленную стоимость  (далее – НДС), признается сумма НДС, подлежащего уплате за полученные товары, работы и услуги, если они используются или будут использоваться в целях облагаемого оборота по реализации, указанных в подпунктах 1), 2), 3), 4) пункта 1 статьи 400 Налогового кодекса.  

Положения подпункта в отношении товаров, полученных вновь созданным юридическим лицом в результате реорганизации, не применяются.

При получении физическим лицом услуг, расходы по которым признаны расходами плательщика НДС в соответствии с международными стандартами финансовой отчетности и законодательством Республики Казахстан о бухгалтерском учете и финансовой отчетности и подлежат отнесению на вычеты как компенсации при служебных командировках в соответствии со статьей 244 Налогового кодекса, такой плательщик НДС имеет право на зачет суммы НДС по указанным услугам при соблюдении требований подпункта 1) пункта 1 статьи 400 Налогового кодекса.

В случае нескольких оснований для отнесения в зачет сумм НДС, зачет суммы НДС производится однократно по наиболее раннему основанию.

Зачет по НДС подлежит уменьшению на сумму превышения НДС после выполнения требований, указанных в подпункте 3) части первой пункта 1 статьи 369 Налогового кодекса, в связи с прекращением деятельности налогоплательщика, в том налоговом периоде, в котором предоставлена ликвидационная декларация в связи с прекращением деятельности налогоплательщика.

НДС относимый в зачет, учитывается в том налоговом периоде, на который приходится наиболее поздняя дата.

Реквизиты, отсутствие или некорректное указание которых будет являться основанием для исключения суммы НДС из зачета:

• ИИН/БИН поставщика или покупателя;
• дата выписки;
• номер;
• наименование товаров, работ, услуг;
• размер облагаемого оборота;
• счета-фактуры не заверенные;
• счет-фактура, выписан на бумажном носителе.

Кроме того, плательщик НДС не вправе отнести в зачет сумму НДС, если:

- легковые автомобили, учтены в качестве основных средств;

- товары работы, услуги, которые используются или будут использоваться на строительство жилого здания, предназначенного для реализации;

- приобретенные за счет средств ликвидационного фонда, размещенного на специальном депозитном счете в банке на территории Республики Казахстан;

- товары, работы, услуги, по гражданско-правовой сделке оплата которых произведена за наличный расчет с учетом НДС независимо от периодичности платежа и превышает 1 000-кратный размер месячного расчетного показателя, установленного законом о республиканском бюджете и действующего на дату совершения платежа;

- если плательщиком НДС применяется метод через ведение раздельного учета в соответствии со статьями 407 и 409 Налогового кодекса;

- приобретенные автономными организациями образования, определенными пунктом 1 статьи 291 Налогового кодекса, за счет полученного ими целевого вклада, или финансирования на безвозмездной основе из средств такого целевого вклада.

Также не признается НДС, относимым в зачет:  

- у комиссионера – НДС, подлежащий уплате по товарам, работам, услугам, приобретенным для комитента на условиях, соответствующих условиям договора комиссии;

- у экспедитора – НДС, подлежащий уплате по работам, услугам, приобретенным у перевозчика и (или) других поставщиков при исполнении обязанностей по договору транспортной экспедиции для стороны, являющейся клиентом по такому договору.

Кроме того, из суммы НДС, относимого в зачет, подлежит исключению сделка, по которой действие по выписке счета-фактуры и (или) иного документа признано судом совершенным субъектом частного предпринимательства без фактического выполнения работ, оказания услуг, отгрузки товаров;

сделки, признанной недействительной на основании вступившего в законную силу решения суда;

суммы, ошибочно отраженной в документе, являющемся основанием для отнесения в зачет НДС;

сделки, совершенные без фактического выполнения работ, оказания услуг, отгрузка товара налогоплательщика, снятого с регистрационного учета по НДС на основании решения налогового органа,  руководитель или  учредитель которого не причастен к регистрации или осуществлению финансово-хозяйственной деятельности такого юридического лица, установленный решением суда, вступившим в законную силу.

Корректировкой суммы НДС, относимого в зачет, при списании обязательств, по сомнительным обязательствам, предусмотрено статьей 405 Налогового кодекса.

Однако в случаях, указанных в пункте 5 статьи 372 Налогового кодекса, за исключением указанных в подпунктах 1) и 6) пункта 5 статьи 372 Налогового кодекса корректировка суммы НДС, относимого в зачет, не производится.

При этом в Налоговом кодексе присутствуют статьи, которые определяют порядок расчета: «НДС, относимый в зачет, с учетом корректировки» статья 406, «Порядок определения сумм НДС, разрешенного к отнесению в зачет, пропорциональным методом» 408 статья, «Порядок определения сумм НДС, разрешенного к отнесению в зачет, через ведение раздельного учета» 409 статья, «Порядок определения сумм НДС, разрешенного к отнесению в зачет, плательщиком НДС, осуществляющим строительство жилого  здания (части жилого здания)» 410 статья и «Дополнительная сумма НДС, относимого в зачет» 411 статья.

«Дополнительная сумма НДС, относимая в зачет», которая распространяется на некоторые категории налогоплательщиков, определенных статьей 411 (производители сельскохозяйственной продукции, продукции аквакультуры, рыбоводства и т.д.).